Izrael można podzielić na cztery regiony geograficzne: trzy południkowo ułożone pasma i duży obszar pustynny na południu. Nizina nadmorska biegnie równolegle do brzegu Morza Śródziemnego. To piaszczyste wybrzeże i żyzne tereny sięgające do 40 km w głąb lądu.
Na północy plaże ustępują czasem miejsca ostrym wapiennym i piaskowcowym klifom. Nizinę nadmorską zamieszkuje ponad połowa ludności Izraela. Tutaj położone są najważniejsze miasta, porty morskie, większość zakładów przemysłowych, wiele farm i ośrodków turystycznych.
Wzdłuż kraju rozciąga się kilka pasm górskich. Nad doliną Hula na północnym wschodzie wznoszą się bazaltowe klify Wzgórz Golan, powstałych w wyniku prehistorycznych erupcji wulkanicznych. Dolomitowo-wapienne wzniesienia Galilei sięgają 500 do 1200 metrów n.p.m. Niewielkie stałe strumienie i stosunkowo obfite opady sprawiają, że zieleń obecna jest tu przez cały rok. Mieszkańcy Galilei i Golanu zatrudnieni są w większości w rolnictwie, turystyce i przemyśle lekkim.
Dolina Ezdrelon, rozdzielająca wzgórza Galilei i Samarii, to najżyźniejszy obszar Izraela, uprawiany przez wiele kibuców i spółdzielni. Falujące wzgórza Samarii i Judei (Zachodniego Brzegu) to mozaika skalistych szczytów i urodzajnych dolin, upstrzonych srebrno-zielonymi, wiekowymi drzewkami oliwnymi. Tarasy na zboczach, wprowadzone tu przez starożytnych rolników, wtapiają się w krajobraz. Dominują niewielkie miasteczka i ludne wsie.
Negew zajmuje około połowy terytorium Izraela. Jego niezbyt liczni mieszkańcy trudnią się rolnictwem i przemysłem. Na południu Negew staje się pustynią z niskimi piaskowcowymi wzgórzami i równinami przecinanymi kanionami i wąwozami (wadi), które zimowe ulewy często zamieniają w rwące strumienie. Jeszcze dalej na południe zobaczyć można wyższe, nagie i skaliste szczyty, kratery i obsypane głazami płaskowyże. Klimat jest tu znacznie suchszy. Trzy kratery erozyjne, z których największy mierzy 35 x 8 kilometrów, sięgają daleko w głąb ziemi, odsłaniając pełen zakres kolorów i odmian skał. Na samym krańcu Negewu, niedaleko położonego nad Morzem Czerwonym Ejlatu, wznoszą się poprzecinane suchymi kanionami ostre iglice z szarego i czerwonego granitu, zaś strome urwiska lśnią w słońcu barwnymi warstwami piaskowca.
Jezioro Tyberiadzkie, wciśnięte między wzniesienia Galilei i Wzgórza Golan, leży na wysokości 212 metrów poniżej poziomu morza. Ma 21 km długości i 8 km szerokości. To największe jezioro Izraela jest głównym źródłem wody pitnej w kraju. Na brzegach Jeziora Tyberiadzkiego znajduje się wiele miejsc o znaczeniu historycznym i religijnym, a także osiedla rolnicze, przystanie rybackie i ośrodki turystyczne.
Dolina Jordanu i Wadi Araba, położone na wschodzie kraju, stanowią część Wielkiego Rowu Afrykańskiego, który miliony lat temu przebił skorupę ziemską. Północny kraniec tego regionu jest bardzo urodzajny, podczas gdy południe jest półpustynne. Głównymi źródłami zarobku są tu rolnictwo, rybołówstwo, turystyka i przemysł lekki.
Rzeka Jordan, płynąca Wielkim Rowem, na przestrzeni 300 km swego biegu pokonuje ponad 700 metrów różnicy wzniesień. Zasilana strumieniami z Góry Hermon, toczy wody przez żyzną dolinę Hula i wpada do jeziora Tyberiadzkiego. Następnie płynie zakolami w stronę Morza Martwego i tam kończy swój bieg. Jordan jest zwykle wąski i płytki, poziom wody podnosi się jednak w zimie.
Wadi Araba (Arava) to region sawanny, rozciągający się od Morza Martwego do Zatoki Ejlat, izraelskiego okna na Morze Czerwone. Dostosowanie zaawansowanych metod uprawy do tutejszych warunków klimatycznych – opadów nie przekraczających 25 mm rocznie i letnich upałów dochodzących do 40ºC – pozwoliło nawet poza sezonem hodować owoce i warzywa, trafiające następnie głównie na eksport.
Morze Martwe to najniższy punkt na Ziemi – 400 metrów p.p.m. Położone jest na południowym krańcu Doliny Jordanu. Jego wody, najbardziej zasolone i najgęstsze na świecie, zawierają sole potasu, magnezu, bromu, sól kuchenną i wiele innych związków. Tempo cofania się Morza Martwego wzrosło w ostatnich latach z powodu intensywnego parowania (1,6 m rocznie) oraz izraelskich i jordańskich inwestycji hydrologicznych, mających na celu zaspokojenie zapotrzebowania na wodę, które zmniejszyły zasilanie zbiornika o 75%. Od 1960 roku lustro Morza Martwego opadło o ponad 10 metrów. Rozważany jest projekt połączenia Morza Martwego ze Śródziemnym za pomocą systemu kanałów i wodociągów, co pozwoliłoby przywrócić temu pierwszemu właściwe rozmiary i poziom wody.