​以色列的研究與開發主要是在7所大學、數十個政府和公共研究機構和數百個軍用、民用企業裡進行的。醫學中心和許多公用事業企業也在諸如電信、電力和動力生產以及水資源管理等領域中從事大量的研究工作。

政府和公共機構是研究與開發經費的主要來源，為以色列半數以上的研究與開發活動提供了財政支助。這些用於民用研究與開發目的經費大部分用於經濟發展，主要是用於工業和農業領域，與其他國家相比，佔整個研究與開發活動費用的比例很大；40%以上的經費是通過國家、國家之間和政府的研究基金以及通過高等教育委員會管理的綜合大學基金對各大學的撥款用於增進科技知識項目。其餘的則專門用於各種衛生保健與社會福利領域。

以色列80%以上可以發表的研究項目—以及幾乎所有的基礎研究項目和基礎研究培訓—都是在大學中進行的。獨立的法人實體—以色列科學基金會（ISF）是對有競爭力的基礎研究提供資金的主要來源。大約有1,000名研究人員個人從ISF得到資助，可與從大學基金獲得資助的人數相媲美。 ISF還為諸如以色列參與歐洲核子研究委員會大型強子對撞機阿特拉斯探測器的製造，以及參與通過新設系列“醫師-研究人員”專項撥款提高臨床研究質量等特別項目提供資金。

對於單一機構難以解決的大型研究計劃的經費和協調問題，往往由TELEM處理。 TELEM是一個由工業和貿易部以及科學和技術部的首席科學家、以色列科學院的主席和高等教育委員會、財政部等機構的代表組成的民間論壇。以色列加入歐盟框架計劃、以色列成為歐洲同步加速器實驗室成員，以及以色列最近的互聯網二期計劃，都是在TELEM的指導（必要時在經費方面給予幫助）下完成的。目前，TELEM正在考慮在納米技術領域作新的嘗試。

以色列的大學獲得的大量專利是衡量大學與產業部門之間關係所帶來的效益的一個尺度。

與世界上其他國家中的大學一樣，以色列各大學中研究人員的主要目標是增進基礎科學知識。由以色列人著述的書籍和期刊涉及所有的科學領域，是大學部門成果的主要體現；以色列的科學出版物在世界出版物中佔據了相當大的比例（大約占到1%）。在諸如化學和計算機科學等許多領域，以色列的出版物對世界科學界更是具有特殊的影響力。

以色列在自然科學、工程、農業和醫學領域裡出版著作的人數，在其勞動大軍中的比例大大高於任何其他國家；以色列科學家與其他國家科學家合著的出版物在該國的出版物中佔據著相當高的份額。

為了使以色列科學界與國際科學界融為一體，以色列鼓勵人們參加國際上的科學會議，同時也鼓勵去國外進行博士後研究，以及利用假期去國外工作。以色列在研究機構、大學和政府級別上還與海外的相應組織保持著廣泛的交流計劃和合作項目。以色列也是舉辦國際科學會議的重要中心，每年都要主辦許多次這樣的會議。

大學在開展自身的科研活動的同時，繼續在促進以色列的技術進步中發揮重要的創新作用。魏茨曼科學研究所是世界上最先建立組織機構(1958年)、負責把自己的研究成果轉化為商業用途的研究所之一；目前在以色列所有的大學中都建立了類似的組織。這些毗鄰大學校園建立起來的以科研為基礎的工業園區，率先獲得了巨大的商業成功。這些大學還常常與國內外企業合作，建立起將自己的科研成果轉化為特定商品的附屬工業企業。

跨學科的研究和試驗機構正在大學裡的對國家工業至關重要的各種科學與技術領域發揮著作用，它們作為國家的一些應用研究與開發中心，為諸如建築、運輸、教育等領域服務。除此以外，有很大比例的大學教員以顧問身份為產業部門提供技術、行政、財務和經營管理方面的諮詢服務。​