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古挖掘中積累的經驗不僅為地層學的研究提供了方法，也促使人們對陶器和其他人工製品形狀的演變（類型學）作細緻的研究。考古學上地層和遺址的年代也可據此得以確定。近年來，考古研究又擴展到鮮為人知的古代物質文化的某些方面，如營養、疾病、經濟和商業。這些現代考古研究的成果正應用於每年挖掘出的數十處遺址。
以色列的考古活動涉及到對國家的所有歷史遺址進行系統性的調查——從史前到奧斯曼帝國統治的末期。大量的歷史遺物就是已在這塊故土上留下了印蹟的多種文化的見證。獨特的地理位置對遠古的文化產生了深遠的影響：數万年前，這塊故土起著大陸橋的作用，成群的獵人跨過它從非洲來到歐洲。在約旦河谷流域以及在卡爾梅勒山和加利利的洞穴中發現了他們的營地和生活場所。
在《聖經》所描寫的時代，這塊故土成為肥沃的美索不達米亞（即現在的伊拉克）平原和埃及平原的繁榮文化的橋樑。自從被亞歷山大大帝佔領後，以色列故土一直起著東西方地理和文化紐帶的作用。
以色列的考古研究更加說明了這個國家就是三種偉大的一神宗教的精神遺產的家園。首先，它明確地揭示了猶太民族、《聖經》和以色列故土之間的歷史聯繫，將猶太民族在自己的祖國留下的文化遺產的遺址展現了出來。這些人們如今可以用眼看到的、曾深埋地下的歷史遺址，將植根於祖國大地上的猶太民族的過去、現在和將來有形地聯繫在一起。
在遍及全國的所有歷史遺址都可見到這一不可截斷的歷史鏈環：在《聖經》時代的城市Hatzor、美吉多、基色、舒姆龍、貝爾謝巴和達恩；在第二聖殿時期的城市太巴列、Sepphoris(Tsippori)、Gamala；在猶太人為自由而鬥爭的地方馬塞達要塞和Herodium；在發現了苦行派教徒精神中心遺址的死海附近的約旦沙漠（那裡還發現了包括《舊約全書》最早版本在內的《死海古卷》）。同一時期，還發現了與耶穌生活有聯繫的遺址——迦百農、太巴哈，那裡還存有拜占庭時期的教堂遺址。
羅馬和拜占庭時代的城市凱撒里亞、貝特謝安和巴尼亞斯的遺址被挖掘出來了，內蓋夫城鎮Avdat、Halutza 和Mamshit 被挖掘出來了，它們在當時都很繁榮。穆斯林時期的遺址有拉姆拉城、有傑里科的Khirbet al-Mafjar宮（Hisham宮）。十字軍時期的遺址包括許多要塞和城鎮——阿克、凱撒里亞、貝爾沃、和尼姆羅德城堡。
以色列的首都耶路撒冷一直是廣泛考古活動的中心，也是迄今揭示出擁有5000年曆史遺蹟的地方：在大衛城，有Canaanite城的城牆和以色列聯合王國首都的建築遺址，包括複雜的地下水道系統；有自第二聖殿時期以來沿著至今尚存的聖殿山遺留圍牆而建的公共建築的遺址，有處於老城中今日猶太區的上城令人矚目的住宅遺址，有公元70年耶路撒冷被羅馬人毀壞後殘存的廢墟，數以百計的石窟陵墓，其中一些裝飾豪華，證明著被毀壞城市昔日的富庶；有拜占庭時期的許多教堂和宗教建築，其中最著名的是聖墓教堂；有穆斯林統治時期聖殿山上的清真寺以及在聖殿山以南挖掘出的政府中心的遺址；有十字軍時期的城牆、教堂和有屋頂的市場；有馬木留克和奧斯曼時期的尖塔，以天空為背景映襯著老城的輪廓。老城的那些城牆和雅法門旁的城堡興建於奧斯曼“偉人”蘇丹蘇里曼統治時期(1520-1566)。
在以色列有大約20,000處公認的古代遺址，它們受到法律的保護。每年都要在全國各地挖掘出數十個各個歷史時期的遺址。無論以色列國內考古隊還是來自國外的考古隊，他們的採掘活動都必須由以色列政府主管文物的部門簽發許可證，這就保證了對國家文物的保護。以色列的文物法規定，每一處建築工地都要進行考古遺址檢查，必要時還應進行挖掘檢查。國家還有保護涉及公眾利益文物的權利，一些比較重要的文物在耶路撒冷的以色列博物館展出。該博物館還收藏了保存《死海古卷》的聖書櫃，部分《古卷》正公開展出。
為保護和修整古蹟，以色列投入了大量的努力和資金，已有數十處各個歷史時期的古代遺址向公眾開放。