Az országban található mintegy kétszáz múzeum évente több millió látogatót fogad. Legyen kis vagy nagy településen, városban, faluban vagy kibucban, a múzeumok régészeti, néprajzi és helytörténeti értékeket, antik és modern műalkotásokat, primitív és bonyolult kézműves eszközöket őriznek.
A jeruzsálemi Izrael Múzeumot eredetileg nemzeti múzeumként alapították 1965-ben. Több nagy részlegnek ad otthont: a Bezalel Szépművészeti, Judaizmus és Etnográfiai Múzeum gyűjteménye a zsidó diaszpóra közösségeinek jellegzetes tárgyait mutatja be, emellett galériák, különböző időszakokat bemutató termek, valamint Afrika, Észak- és Dél-Amerika, Óceánia és a Távol-Kelet műalkotásainak átfogó gyűjteményei is megtalálhatók itt. Az archeológiai szárnyban változatos tárgyak láthatók a prehistorikus időktől egészen a 15. századig. A szoborgyűjtemény több mint hatvan alkotást foglal magába, a Könyv Házában ritka bibliai kéziratokat őriznek, többek között a holt-tengeri tekercseket. Az ifjúsági szárnyban galériák, tantermek és műhelyek találhatók, ahol átfogó oktatási programok zajlanak. A kelet-jeruzsálemi Rockefeller Múzeumban regionális régészeti leleteket állítanak ki, a szintén ott elhelyezkedő Paley Művészeti Központ arab gyermekek számára biztosít képzéseket. A Jeruzsálem belvárosában álló évszázados épületben található Ticho Ház művészeti galériának és népszerű kávézónak ad otthont. Rendszeresen tartanak változatos kortárs kiállításokat, előadásokat, műhelyfoglalkozásokat, filmbemutatókat, kamarakoncerteket és művészeti tanfolyamokat.
A következő néhány évben 80 millió dollár értékű átfogó felújítás zajlik az Izrael Múzeumban. A több éven át tartó munkálatok eredményeként közel 7500 négyzetméterrel növelik az alapterületet, a mintegy 185 ezer négyzetméter méretű galéria részleget pedig átalakítják, felújítják és kibővítik. Az épület várhatóan 2010 májusára, a múzeum alapításának 45. évfordulójára készül el.
A Tel-Avivi Múzeum (alapítás: 1932) 1971-ben nyitotta meg termeit a jelenlegi helyszínen. A múzeumban központi galériák találhatók, egy klasszikus és kortárs művészeti gyűjtemény, külön izraeli művészeti szekció, termek az időszakos kiállításokhoz, egy ifjúsági szárny, valamint egy auditórium, ahol felolvasásokat és kamarakoncerteket rendeznek, továbbá rendszeresen művészfilmeket mutatnak be. A komplexumhoz tartozik a Helena Rubinstein Modern Művészeti Pavilon is.
A Mishkan LeOmanut („A Művészet Otthona”, alapítás: 1934), az ország első vidéki múzeuma és a kibuc mozgalom első művészeti múzeuma az északi Kibuc Ein Harodban található. Átfogó zsidó képtárral és szoborgyűjteménnyel, valamint a világ különböző pontjairól származó népművészeti tárgyakkal rendelkezik. A múzeum továbbá különleges időszakos kiállításoknak ad otthont, illetve változatos oktatási és kutatási programokat szervez.
A Haifa Múzeum (1949) komplexumához több részleg tartozik: az Antik Művészeti Múzeum Izrael és Földközi-tenger térségében talált régészeti leleteket állít ki, a Modern Művészetek Múzeumának (1951-ben alapították) gyűjteménye a 18. század közepétől a jelenkorig terjedő időszakot fedi le. A Haifa Múzeum égisze alatt működik továbbá a Prehistorikus Múzeum, a Nemzeti Tengerészeti Múzeum és a Tikotin Japán Művészeti Múzeum, ahol kis, de jól szervezett területen működnek időszakos és állandó kiállítások.
Az Eretz Izrael Múzeum (alapítás: 1953) Ramat Avivban található, a régió régészeti, antropológiai és történelmi leleteinek – változatos üveg-, kerámiatárgyak, érmekollekció, rézedények – átfogó tárháza. Az intézményhez planetárium is tartozik. Az Ember és munkája elnevezésű részben a szövés, ékszerkészítés, fazekasság, őrlés és kenyérsütés ókorban alkalmazott módszereinek élő bemutatója látható. Itt található Tel Quasile ásatási területe, ahol tizenkét civilizáció egymásra rétegződött maradványait találták meg. A múzeum égisze alatt működik a Tel-Aviv központjában található Tel-Aviv-Jaffa Helytörténeti Kiállítás és a Függetlenségi Csarnok, ahol 1948-ban kikiáltották Izrael államának függetlenségét.
A jeruzsálemi L.A. Mayer Iszlám Művészeti Intézet (alapítva 1974-ben) kiterjedt állandó kiállításán többek között fazekas tárgyak, szőttesek, ékszerek és kegytárgyak láthatók. A gyűjtemény ezer év iszlám művészetét öleli föl a világ különböző tájairól Spanyolországtól egészen Indiáig; ezenkívül tematikus időszakos kiállításokat is szerveznek rendszeresen.
A Beit Hatefutsoth (Diaszpóra Múzeum, alapítás: 1978) a Tel-Avivi Egyetem campusán helyezkedik el. A múzeumban nem tárgyakat állítanak ki, hanem a tematikusan rendszerezett kiállításon modern technológiák és audiovizuális eszközök segítségével követik nyomon a világban szétszóródott zsidó diaszpóra közösségeinek életét az évszázadokon át. Valamennyi szinten található tanulásra kialakított terület. Rendszeresen szerveznek zsidó témájú időszakos kiállításokat, a zsidó történelmet udiovizuális eszközökkel bemutató kronológiai áttekintést, változatos oktatási és kulturális programokat, utazó kiállításokat. A múzeum honlapján a zsidó élettel és hagyományokkal kapcsolatos tanácsok és információk olvashatók.
A Dávid-torony Jeruzsálemi Helytörténeti Múzeum (alapítva 1988-ban) a Citadella épületegyüttesben található. A múzeum nem műtárgyakat állít ki, mert önmagában történelmi és régészeti különlegesség: területén leleteket találtak az Első Templom időszakából (i. e. 960-586), a torony és a városfal részletei a Hasmoneusok korszakából származnak (i. e. 1. század), a nagytorony alapjait pedig Heródes építtette (i. e. 37-4) – az első kánaáni várostól egészen napjainkig a múzeum Jeruzsálem történetének mintegy négyezer évét öleli fel. A kiállítás korszakok alapján tagozódik, minden teremben időtáblázat jelzi a fontosabb eseményeket; térképek, videofelvételek, hologramok, ábrák és modellek mutatják be az adott kort. A gyönyörű környezetben a szobrok, művészi installációk és műalkotások között gyakran rendeznek időszakos kiállításokat, nem szükségszerűen kapcsolódó témákban.
A Yad Vashem a Holokauszt Mártírjai és Hősei Emlékhelye Hatóság Jeruzsálemben, a holokauszt során életét vesztett hatmillió zsidó emlékének örök mementója. A 2005-ben felújított és kibővített létesítmény területén található az Új Holokauszt-történeti Múzeum (a holokauszt áldozatainak nevét tartalmazó csarnokban), a Holokauszt-művészet Múzeuma, a kiállítási pavilon, az Igazak útja, amely a nem zsidóknak állít emléket, az archívum, az Emlékezés Háza, ahol a koncentrációs táborok neve olvasható a padlón, a Gyermekek Emlékezetének Pavilonja és az Elpusztított Közösségek Völgye. A komplexumot Moshe Safdie tervezte azzal a céllal, hogy mindent átfogó érzékszervi, érzelmi és intellektuális élményben részesítse a látogatót.