Ghánával 1956-ban vették föl a diplomáciai kapcsolatot, majd ezt sorban követték a Szaharától délre elhelyezkedő államok. Az 1970-es évek elejére Izraelnek a térség 33 országával volt teljes diplomáciai kapcsolata. Ezek a kapcsolatok Afrika szimpátiáját fejezték ki Izrael iránt, amely szintén fiatal állam, 1948-ban szerezte meg függetlenségét, és készen állt tapasztalatainak és szaktudásának megosztására az új afrikai országokkal. Kölcsönösen kedvező gazdasági kapcsolatok alakultak, ideértve számtalan vegyes vállalkozást is.
A jom kippuri háborút (1973) követő olajválság során a Szaharától délre fekvő országok többsége két ok miatt szakította meg kapcsolatát Izraellel: az egyik ok az arab országok ígérete olcsó olajra és pénzügyi segítségre, a másik az Afrikai Egységszervezet (OAU) Egyiptom által finanszírozott határozata, amely az Izraellel való kapcsolatok leállítására szólított föl. Csak Malawi, Lesotho és Szváziföld tartott fönn teljes diplomáciai kapcsolatot Izraellel, néhány ország pedig egyéb államok követségén működtetett érdekképviseleteket. Bizonyos mértékben azonban folytatódott az együttműködés: afrikai diákok izraeli képzéseken vettek részt, izraeli szakemberek pedig szerte a kontinensen kamatoztatták tudásukat.
Az 1980-as évek óta fokozatosan javultak a kapcsolatok a Szaharától délre fekvő országokkal; az Izrael és az arab szomszédok között folyó béketárgyalások új lendületet adtak a folyamatnak. Az 1990-es évek végére a hivatalos kapcsolatok ismét helyreálltak a Szaharától délre található 39 országgal.
Manapság Izrael és a Szaharától délre fekvő országok között folyamatos politikai párbeszéd zajlik: az államfők és különböző miniszterek látogatásai jelzik az aktív viszonyt. Emellett dinamikus tevékenységek folynak, beleértve a gazdasági és kereskedelmi kötelékeket, kulturális és tudományos kapcsolatokat, vegyes mezőgazdasági vállalkozásokat, orvosi segítségnyújtást, szakmai képzéseket, valamint szükség esetén humanitárius segélyeket.
Izrael érdeklődéssel követte Afrika politikai és gazdasági integrációját és az Afrikai Unió megalakulását. A barátság és a szolidaritás megnyilvánulásaként Izrael felújította az együttműködést az alakuló afrikai intézményekkel és szervezetekkel, újabb fejezetet nyitva a kontinenssel kialakult különleges kapcsolatának.