O rápido crescimento populacional e a expansão constante da agricultura e da indústria têm contribuído para a deterioração ambiental, especialmente na zona costeira, que concentra mais da metade da população de Israel e a maior parte da indústria. Para combater a poluição do litoral dos mares Mediterrâneo e Vermelho, Israel adotou um programa multifacetado de inspeção, legislação, proteção, limpezas costeiras e cooperação internacional, principalmente com o Plano de Ação para o Mediterrâneo.

Com as condições de escassez de água e desenvolvimento intensivo, a degradação da qualidade da água é um problema grave. As principais causas de poluição das águas subterrâneas são os fertilizantes químicos, pesticidas, a intrusão de água salgada e as águas residuais domésticas e industriais. O tratamento de águas residuais tem prioridade alta, para reduzir seus efeitos sobre o meio ambiente e a saúde pública e para desenvolver uma fonte adicional de água para a irrigação agrícola. Um plano recentemente aprovado para a gestão da água prevê a dessalinização da água do mar e água salobra, a melhora no tratamento de águas residuais para fins de reuso, e a produção e conservação eficientes da água. Um programa de reabilitação para córregos poluídos foi iniciado, com o objetivo de transformá-los em recursos de água doce com valor ecológico e de lazer. A qualidade da água potável é rigorosamente controlada.

Fatores que afetam a qualidade do ar incluem a produção de energia, o transporte e a indústria – e todos os três aumentaram dramaticamente nos últimos anos. O uso de combustível com baixo teor de enxofre na produção de energia ajuda a reduzir consideravelmente as concentrações de dióxido de enxofre, mas as emissões de poluentes ligados ao maior tráfego de veículos aumentaram significativamente. Gasolina sem chumbo, catalisadores, e menor teor de enxofre no diesel foram introduzidos para mitigar o problema. Um sistema nacional de monitoramento fornece informações atualizadas sobre a qualidade do ar em todo o país. Israel também se esforça para cumprir as normas internacionais de preservação do ozônio e mudanças climáticas.

O rápido crescimento da população, da qualidade de vida e do consumo levaram a aumentos significativos nos resíduos sólidos, na ordem de 4 a 5% ao ano. A maioria dos depósitos de lixo ilegais do país foi fechada nos últimos anos e substituída por aterros sanitários ambientalmente seguros. Existem esforços para a gestão integrada de resíduos sólidos, incluindo a redução, reciclagem, recuperação e incineração. Normas recentes sobre reciclagem deverão facilitar a transição para tecnologias com pouco ou nenhum resíduo.

A gestão “do berço ao túmulo” para substâncias perigosas é baseada em licenças, regulamentação e supervisão de todos os aspectos de sua produção, uso, eliminação e tratamento. A aplicação da legislação, a implantação de um plano nacional de contingência para respostas integradas de emergência a acidentes, e a solução e atualização do depósito nacional de resíduos perigosos deverão minimizar os perigos potenciais para a saúde e o meio ambiente.

O cumprimento da legislação ambiental é uma prioridade, além da educação ambiental do jardim de infância à universidade. O público participa da aplicação da lei ambiental, como fiscais do lixo e do bem-estar animal autorizados a relatar violações das respectivas leis. Ferramentas econômicas são cada vez mais usadas para promover a melhoria ambiental, tanto na forma de subsídios financeiros para indústrias que investem na prevenção da poluição e na forma de impostos e taxas sobre os poluidores. De acordo com os princípios do desenvolvimento sustentável, os esforços são voltados à conservação de recursos e prevenção da poluição em todos os setores da economia.​