O estabelecimento de relações diplomáticas plenas entre Israel e a Santa Sé (sob os termos do Acordo Fundamental assinado em Jerusalém em dezembro de 1993) é uma etapa importantíssima no processo histórico de mudanças na atitude da Igreja com relação ao judaísmo e ao povo judeu, publicamente iniciado pela declaração conhecida como Nostra Aetate, promulgada pelo Concílio Vaticano Segundo em 1965.

No Acordo Fundamental, Israel e a Santa Sé observaram a “natureza única da relação entre a Igreja Católica e o povo judeu…” e se comprometeram a “combater todas as formas de antissemitismo, racismo e intolerância religiosa e promover o entendimento mútuo entre as nações, a tolerância entre as comunidades e o respeito e a dignidade pela vida humana”, e a “promover a resolução pacífica dos conflitos entre estados e nações, eliminando a violência e o terror das relações internacionais”. Outros compromissos tratam do regime de status quo que afeta os locais sagrados do cristianismo, as questões referentes à liberdade religiosa, a peregrinação à Terra Santa e outros assuntos.

Em novembro de 1997, foi assinado um acordo em Jerusalém definindo o status da Igreja Católica em Israel e sua hierarquia sob as leis de Israel. Esse é o primeiro reconhecimento formal da Igreja Católica por qualquer governo na Terra Santa.

Em março de 2000, o papa João Paulo II veio a Israel em uma peregrinação pessoal aos locais sagrados, reunindo-se com o presidente Ezer Weizman e o primeiro-ministro Ehud Barak. Outros eventos incluíram reuniões com os rabinos-chefe e visitas a Yad Vashem e ao Muro das Lamentações. A visita enfatizou o processo contínuo de entendimento entre o judaísmo e a Igreja Católica.