As instituições de ensino superior funcionam sob a supervisão do Conselho de Educação Superior, presidido pelo ministro de educação e que reúne acadêmicos, representantes comunitários e um representante dos estudantes. Ele outorga reconhecimento, autoriza a concessão de graus acadêmicos e aconselha o governo no que diz respeito ao desenvolvimento e financiamento do ensino superior e da pesquisa científica.

Quase todos os estudantes israelenses têm mais de 21 anos quando iniciam seus estudos, após cumprirem três anos de serviço militar obrigatório para os homens e dois anos para as mulheres. Até o início dos anos 60, os estudantes se encaminhavam ao ensino superior para aprimorar seu conhecimento. Nos últimos anos, eles estão mais focados na carreira e grande parte se encaminha para os cursos profissionais oferecidos. Hoje em dia, mais de a metade dos israelenses entre 20 e 24 anos está matriculada em alguma das instituições de ensino pós-secundário ou superior do país.

O Technion - Instituto Tecnológico de Israel (fundado em 1924, em Haifa) formou uma grande parte dos engenheiros, arquitetos e planejadores urbanos do país. Nas últimas décadas, foram acrescentadas faculdades de medicina e ciências biológicas. O Technion funciona como centro de pesquisa pura e aplicada nos campos da ciência e engenharia, contribuindo para o desenvolvimento industrial do país.

A Universidade Hebraica de Jerusalém (fundada em 1925), é composta por faculdades que cobrem praticamente todas as áreas do conhecimento, desde História da Arte até Zoologia, e abriga a Biblioteca Nacional de Israel. Desde a sua criação, os cientistas da Universidade Hebraica estão envolvidos em todas as fases do desenvolvimento nacional e seu departamento de estudos judaicos é um dos mais completos do mundo.

O Instituto Weizmann de Ciências (criado em 1934, em Rechovot), denominado Instituto Sieff em sua fundação, foi ampliado em 1949 e recebeu o nome do Dr. Chaim Weizmann, primeiro presidente de Israel e um químico renomado. Atualmente é um reconhecido centro de pós-graduação e pesquisas em física, química, matemática e ciências biológicas. Seus pesquisadores dedicam-se a projetos para acelerar o desenvolvimento industrial e à criação de iniciativas científicas. O Instituto tem um departamento de ensino de ciências que prepara os currículos para as escolas de 2° grau.

Imagem cedida pelo Instituto Weizmann de Ciências

A Universidade Bar Ilan (fundada em 1955, em Ramat Gan) adota uma abordagem integrativa especial, que combina programas de enriquecimento sobre a tradição judaica com a educação liberal, numa vasta gama de disciplinas, especialmente ciências sociais. Misturando tradição e a moderna tecnologia, nela se encontram institutos de pesquisa de física, química médica, matemática, economia, estudos estratégicos, psicologia evolutiva, musicologia, Bíblia, Talmude, legislação judaica e outros.

A Universidade de Tel Aviv (fundada em 1956) resulta da incorporação de três instituições existentes, para atender à necessidade de uma universidade na área de Tel Aviv, a região mais populosa do país. Hoje em dia ela é a maior universidade de Israel, oferecendo uma ampla gama de disciplinas e dando ênfase especial à pesquisa pura e aplicada. A universidade abriga institutos especializados nos campos dos estudos estratégicos, administração de sistemas de saúde, previsão tecnológica e estudos energéticos.

A Universidade de Haifa (fundada em 1963) é o centro de ensino superior da região norte do país e oferece oportunidades de estudos interdisciplinares; seus centros interdepartamentais, seus institutos e o projeto arquitetônico, do brasileiro Oscar Niemeyer, foram estruturados para facilitar essa abordagem. A universidade tem um departamento para o estudo do kibutz como entidade social e econômica, e um centro dedicado à melhoria da compreensão e cooperação entre judeus e árabes em Israel.

A Universidade Ben-Gurion do Neguev (fundada em 1967, em Beer Sheva) foi fundada para servir à população da região meridional de Israel e para estimular o desenvolvimento social e científico da região deserta do país. Tem oferecido grande contribuição à pesquisa de zonas áridas, e sua escola de medicina foi a pioneira nacional na prática da medicina comunitária. Um campus universitário situado no Kibutz Sde Boker abriga um centro de pesquisa para o estudo dos aspectos históricos e políticos da vida e época de Ben-Gurion, o primeiro chefe de governo de Israel.

Universidade Aberta (criada em 1974), baseada no modelo inglês, oferece diferentes oportunidades não tradicionais de graduação superior em nível de bacharelado, utilizando-se de métodos flexíveis que se baseiam principalmente no estudo individual independente, através de livros de texto e guias, complementados por exercícios estruturados, tutoria e exames finais.​

​As faculdades regionais oferecem cursos acadêmicos. Várias faculdades estão sob os auspícios de uma das universidades, possibilitando aos estudantes iniciar os estudos superiores perto de suas casas, completando-os no campus principal da universidade.

Alguns institutos especializados oferecem cursos de arte, música, moda, enfermagem, terapias de reabilitação, magistério e esportes. Várias faculdades particulares oferecem também cursos e diplomas em profissões de grande demanda, como administração de empresas, direito, informática, economia e outros. Em algumas destas, há cursos que concedem certificados ou diplomas vocacionais em vários assuntos, desde tecnologia e agricultura a mercadologia (marketing) e hotelaria.