As atividades de pesquisa e desenvolvimento são realizadas em Israel principalmente em sete universidades, nas dezenas de institutos de pesquisa, tanto públicos quanto governamentais, e em centenas de empresas civis e militares. Pesquisas importantes são efetuadas também em centros médicos e por várias empresas de serviço público, nos campos de telecomunicações, produção de energia, e administração de recursos hídricos.

O governo e os órgãos públicos são as principais fontes de recursos de P&D, financiando mais da metade de todas as atividades de P&D de Israel. A maior parte das verbas de P&D civil destina-se ao desenvolvimento econômico, principalmente nos setores industrial e agrícola. Comparando-se com outros países, representa uma fração elevada do total. Mais de 40% são destinados ao progresso da ciência, através de fundos de pesquisa nacionais, binacionais ou governamentais, assim como através dos Fundos Gerais Universitários, administrados pelo Conselho de Ensino Superior. O restante é destinado a vários projetos nos campos da saúde e bem-estar social.

Mais de 80% de toda a pesquisa israelense publicável – e quase todas as pesquisas básicas e treinamento em pesquisa básica – são realizados dentro das universidades. A Fundação Científica Israelense (ISF), órgão legalmente independente, é a principal fonte de financiamento das pesquisas competitivas básicas. Cerca de 1.000 pesquisadores individuais recebem subsídios da ISF, além do financiamento universitário. A ISF também financia programas especiais, como a participação de Israel na construção do detector ATLAS para o Grande Colisor de Hádrons do CERN, e a melhora na qualidade da pesquisa clínica através de uma série inovadora de subsídios “médico-pesquisador”.

Para financiar e coordenar iniciativas de pesquisa grandes demais para qualquer agência, existe o TELEM, um fórum voluntário formado pelos principais cientistas do Ministério da Indústria, Comércio e Trabalho e do Ministério da Ciência, o presidente da Academia Israelense, e representantes do Conselho do Ensino Superior, do Tesouro, entre outros. O TELEM planejou e, quando necessário, financiou a entrada de Israel no Programa-Quadro da União Europeia, sua inclusão na European Synchrotron Radiation Facility e a iniciativa Internet II.