I circa 200 musei in tutto il paese registrano ogni anno milioni di visitatori. Di ampie o limitate dimensioni, in grandi o piccole città oppure in Kibbutz, essi ospitano tesori di archeologia, etnografia e storia locale, di arte - antica e moderna - e di artigianato, da quello primitivo a quello sofisticato di oggi.

Il Museo d'Israele a Gerusalemme, fondato nel 1965 come museo nazionale del paese, comprende diverse importanti sezioni: la collezione di Belle Arti, Oggetti rituali ebraici ed Etnografia del Museo di Bezalel, esibizioni di oggetti tipici delle varie comunità ebraiche della Diaspora, gallerie d'arte, sale dedicate a periodi specifici e un'ampia selezione di oggetti artistici provenienti dall'Africa, dall'America del Nord e del Sud, dall'Oceania e dall'Estremo Oriente. Vi sono inoltre un'ala dedicata all'archeologia, in cui si possono ammirare manufatti che risalgono dalla Preistoria al XV secolo E.V., un giardino scultoreo nel quale sono esposte oltre 60 opere; il "Santuario del Libro" che ospita rari manoscritti biblici - fra cui i Rotoli del Mar Morto, un'ala per giovani nella quale si trovano gallerie, classi e laboratori, ampiamente usati per programmi educativi. Sono considerate sue sezioni anche il Museo Rockefeller nella parte orientale di Gerusalemme, che ospita una collezione archeologica della regione, il Centro d'Arte Paley, anch'esso a Gerusalemme Est, che conduce programmi per bambini della popolazione araba e, infine, la Casa Ticho, una galleria d'arte in cui si trova anche un caffé molto popolare, situata in un edificio di un secolo fa al centro di Gerusalemme. Vengono inoltre regolarmente presentate sia una impressionante gamma di mostre temporanee, con attività che spaziano da conferenze e workshop, a film, concerti da camera e lezioni di arte. Negli ultimi anni, è stato avviato un imponente intervento di restauro, del valore di 80 milioni di dollari. Il progetto, durato diversi anni, ha aggiunto ulteriori 800 metri quadrati edificati mentre 2000 metri quadrati di spazi dedicati alle gallerie sono stati riordinati, rinnovati e ampliati. La riapertura è avvenuta nel Maggio del 2010, in occasione del 45esimo anno dall'inaugurazione del museo.

Il Museo d'Arte di Tel Aviv (fondato nel 1932), che ha inaugurato la sua attuale sede nel 1971, è composto da gallerie centrali che ospitano una vasta collezione di arte classica e contemporanea - specialmente israeliana -, un'ala dedicata ai giovani, un auditorium in cui vengono regolarmente presentati recital, concerti da camera e film sull'arte; vi sono poi numerose sale in cui vengono allestite esibizioni temporanee. Anche il Padiglione Helena Rubinstein di Arte Moderna si trova sotto la sua egida.

Il Mishkan Le'Omanut (la Casa dell'Arte, fondata nel 1934), nel Kibbutz Ein Harod situato nel nord d'Israele, è stato il primo museo rurale nel paese e il primo museo dell'arte del movimento kibbutzistico; ospita un'ampia collezione di pittura, scultura e arte folkloristica ebraiche proveniente da ogni parte del mondo; presenta inoltre speciali esposizioni temporanee e conduce molte ricerche e progetti educativi nel campo dell'arte.

Il Museo di Haifa (fondato nel 1949), ospita all'interno di un solo edificio il Museo dell'Arte Antica specializzato in ritrovamenti archeologici avvenuti in Israele e nel bacino mediterraneo e il Museo d'Arte Moderna (fondato nel 1951), con esibizioni di opere d'arte provenienti da ogni parte del mondo (dalla metà del XVIII secolo fino a oggi). Si trovano sotto la sua egida anche il Museo della Preistoria, il Museo Nazionale Marittimo e il Museo Tikotin di Arte Giapponese, uno spazio di ridotte dimensioni, ma ben congegnato, che vanta un'esposizione permanente e mostre temporanee.

Il Museo Eretz Israel (fondato nel 1953) a Ramat Aviv, con la sua ampia collezione di reperti archeologici, antropologici e storici della regione, comprende fra l'altro, oltre ad un planetarium, padiglioni di utensili in vetro, ceramica, monete, rame, e tanto altro ancora. La sezione che prende il nome di "l'Uomo e il suo lavoro" offre una dimostrazione viva di antichi metodi di tessitura, di lavorazione di gioielli e di vasellame, di macinazione del grano e di cottura del pane. Sul posto si trova anche Tel Quasila, uno scavo archeologico in cui sono stati scoperti ben 12 distinti strati di civilizzazione. Dipendono da questo museo anche il Museo della Storia di Tel Aviv-Yafo e la Sala dell'Indipendenza, dove nel 1948 venne proclamata l'indipendenza dello Stato d'Israele. Questi ultimi due posti si trovano ambedue al centro di Tel Aviv.

L'Istituto d'Arte Islamica L.A. Mayer (fondato nel 1974) a Gerusalemme, ospita ampie collezioni permanenti di vasellame, prodotti tessili, gioielleria, oggetti cerimoniali e simili, che coprono mille anni di arte islamica, dalla Spagna all'India, e presenta esibizioni temporanee su temi speciali.

Bet Hatefutsòt, (il Museo della Diaspora, fondato nel 1978), situato nel Campus dell'Università di Tel Aviv, fa uso di moderne tecniche e di esposizioni audiovisive, per tracciare la storia delle Comunità della Diaspora ebraica attraverso i secoli e in ogni parte del mondo. In questo museo, non impostato sull'esposizione di reperti e prodotti, le esibizioni sono ordinate per argomenti e ogni piano ha una sua area di studio. Sono anche regolarmente offerte mostre temporanee su temi ebraici, c'è una cronosfera che presenta una panoramica audiovisiva della storia ebraica e una gamma completa di programmi educativi e culturali ed esibizioni itineranti. Il sito internet, www.bh.org.il, offre anche un servizio di informazioni e di guida sulla vita e sul patrimonio culturale ebraico.

Museo della Torre di Davide della Storia di Gerusalemme  (fondato nel 1988), è situato nel complesso della Cittadella, un importante sito storico e archeologico contenente reperti che risalgono al periodo del Primo Santuario (960-586 a.E.V.), parti di una torre e delle mura della città del periodo asmoneo (I sec. a.E.V.) e la base di un'enorme torre costruita da Erode (37-4 a.E.V.). Il museo, che non si basa su manufatti o reperti, copre 4.000 anni della storia di Gerusalemme, dal suo inizio come città cananea fino ai nostri giorni. Le esposizioni sono divise per periodi, con una "linea del tempo" che descrive in ognuna delle sale gli eventi principali, ed esposizioni arricchite da strumenti esplicativi come mappe, filmati, ologrammi, disegni e modelli. Di tanto in tanto vengono presentate esibizioni temporanee, non necessariamente su temi legati al museo, che approfittano del bellissimo contesto per esporre sculture, installazioni artistiche e altre opere.

Yad Vashem, l'Autorità per la Memoria dei Martiri e degli Eroi della Shoàh, ha sede a Gerusalemme ed ha come obiettivo di perpetuare la memoria dei sei milioni di Ebrei periti nella Shoàh. Rinnovato ed ampliato nel 2005, include il Nuovo museo della storia della Shoàh (nel quale si trova la Sala dei Nomi delle Vittime della Shoàh), il Museo dell'Arte della Shoàh, il padiglione delle mostre, il Viale dei Giusti fra le Nazioni, un archivio, il Santuario del Ricordo sul cui suolo i nomi dei campi di sterminio, il Padiglione del Memoriale dedicato ai bambini e la Valle delle Comunità Distrutte. Disegnato da Moshe Safdie, il museo punta a portare il visitatore dentro un'esperienza totale che è insieme sensoriale, emozionale e intellettuale.