An den Grenzübergängen befindet sich eine zweigeteilte Zollabfertigung. Reisende ohne zollpflichtige Waren können die Abfertigungshalle durch einen in Grün beschrifteten Ausgang in der Regel verlassen, ohne ihr Gepäck öffnen und Zoll zahlen zu müssen. Nicht zu verzollen sind zum Beispiel persönliches Gepäck wie Foto- und Kameraausrüstung, Radio, Fahrrad, Schmuck, 1 Liter Spirituosen, 2 Flaschen Wein, 200 Zigaretten, ¼ Liter Parfüm und Geschenke bis zum Wert von 150 US-Dollar.
Bestimmte Waren sind deklarationspflichtig und müssen in einem in Rot beschrifteten Ausgang angemeldet werden. Als deklarationspflichtig gelten zum Beispiel Videogeräte, Videokameras oder Camcorder, Computer und Taucherausrüstungen. Für derartige Geräte muss eine Kaution hinterlegt werden.
Bei der Einreise mit Hund oder Katze müssen ein amtstierärztliches Gesundheitszeugnis, welches nicht älter als 10 Tage sein darf, und eine Bescheinigung über alle für das Tier notwendige Imfungen vorgelegt werden. Hunde und Katzen, die jünger als 3 Monate sind, dürfen nicht eingeführt werden.
Waffen, Pflanzen, Frischfleisch- und Frischmilchprodukte dürfen nicht eingeführt werden. Wer ein eigenes Auto nach Israel mitnehmen will, benötigt eine grüne Versicherungskarte mit dem Zusatz valid for Israel (gültig für Israel).
Devisen müssen ab 80.000 NIS deklariert weden.
Zuständig für Zollangelegenheiten ist die Abteilung für Zoll- und Mehrwertsteuer (Agaf ha-Mass ve-Erech Mussaf) innerhalb des Finanzministeriums.