Ergänzend zu den fünf großen Säulen der Kooperation gibt es verschiedene andere Vereinbarungen, die die deutsch-israelische Zusammenarbeit auf wissenschaftlichen Gebieten erweitern. Dazu zählen:
1. Die Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG):
Förderung bilateraler Symposien auf allen wissenschaftlichen Gebieten
Förderung trilateraler Kooperationsprojekte von deutschen, israelischen und palästinensischen Wissenschaftlern. Dieses Programm wurde 1995 eingeführt und finanzierte seitdem mehr als 20 Projekte mit einem Budget von 30 Mio. Euro.
2. Alexander von Humboldt Stiftung
Die Stiftung vergibt Stipendien und Forschungspreise an israelische Wissenschaftler.
3. Verschiedene Stiftungen wie z.B. die Volkswagen Stiftung
Die Stiftung unterstützt gemeinsame Wissenschaftsprojekte, besonders in den Sozialwissenschaften und gemeinsame Konferenzen.
4. Kooperationsabkommen zwischen deutschen und israelischen Universitäten, die den Austausch von Wissenschaftlern und gemeinsame Konferenzen einschließen.