Das Austauschprogramm für junge deutsche und israelische Wissenschaftler, dem alle israelischen und deutschen Forschungsinstitutionen angeschlossen sind. Dieses Programm ermöglicht es israelischen und deutschen Forschern, über längere Zeiträume von sechs bis zu 36 Monaten in den Forschungseinrichtungen des Gastlandes tätig zu sein. Bis heute wurde das Minerva Stipendium an mehr als 1400 deutsche und israelische Forscher vergeben; gegenwärtig kommt diese Förderung pro Jahr ungefähr 60 Wissenschaftlern zugute. Bei der Auswahl wird vor allem jungen Postdoktoranden Vorrang eingeräumt. Weiterhin beinhaltet dieser Teil des Minerva-Programms speziell Befristete Minerva Forschungszuschüsse (MRG-Minerva Short-Term Research Grant).
Mit diesen Zuschüssen will man jungen deutschen und israelischen Wissenschaftlern die Gelegenheit bieten, ihre Forschungspartner aufzusuchen oder neue Kontakte mit Wissenschaftlern des jeweiligen Gastlandes zu knüpfen. Die Zuschüsse ermöglichen es den Wissenschaftlern außerdem, sich an Seminaren und Workshops zu beteiligen, insbesondere als Gastredner. Die Befristeten Minerva Forschungszuschüsse (MRG) sind für Forschungsaufenthalte von mindestens einer Woche bis zu acht Wochen vorgesehen. Die dafür benötigten finanziellen Mittel wurden im Jahr 2002 erstmals bereitgestellt und zu gleichen Teilen vom Bundesministerium für Bildung und Forschung und dem Israeli Ministry of Science finanziert.