Han sido puestos al descubierto los sitios de las grandes ciudades romanas y bizantinas de Cesárea, Beit Sheán y Banias (Cesarea de Filipo), al igual que las ciudades de Avdat, Jalutza y Mamshit, en el Néguev, que prosperaron en la misma época. Del período musulmán, hay ruinas de la ciudad de Ramle y del palacio de Khirbet al-Mafjar (Palacio de Hisham) en Jericó. Restos del período Cruzado incluyen muchas fortalezas y ciudades - Acre, Cesarea, Belvoir y Qala’at Nimrod.

Jerusalén, la capital de Israel, ha sido el foco de una amplia actividad arqueológica que ha permitido descubrir vestigios de 5.000 años de historia: en la Ciudad de David, los muros de la ciudad cananea, ruinas de edificios de la capital del Reino de David y Salomón, así como sofisticados túneles para la conducción de agua; del período del Segundo Templo, los restos de edificios públicos, a lo largo de los muros de contención del Monte del Templo que subsisten hasta hoy, las ruinas de espléndidas residencias de la Ciudad Alta en el actual Barrio Judío de la Ciudad Vieja, las ruinas de lo que quedó en pie después la destrucción de Jerusalén por los romanos en el año 70 EC, y cientos de tumbas abiertas en la roca, algunas ricamente decoradas, que atestiguan de la prosperidad de la ciudad destruida; muchas iglesias y edificios religiosos del período bizantino, la más famosa de ellas la Iglesia del Santo Sepulcro; del período del dominio musulmán, las mezquitas en el Monte del Templo y un centro gubernamental, restos del cual han sido excavados al sur del Monte del Templo; del período cruzado, muros de la ciudad, iglesias y mercados techados; de los períodos mameluco y otomano minaretes que adornan el horizonte de la Ciudad Vieja. Las murallas de la Ciudad Vieja y la ciudadela junto a la Puerta de Yafo fueron construidas durante el reinado del sultán otomano Suleimán el Magnífico.

En Israel existen unos 20.000 sitios de antigüedades reconocidos y protegidos por ley. Cada año se efectúan excavaciones en decenas de sitios, de todos los períodos históricos del país. Los permisos para excavar son otorgadas a expediciones - de Israel y del exterior - por la Autoridad de Antigüedades de Israel, que es la encargada de preservar las antigüedades del país. La Ley de Antigüedades de Israel exige que antes de emprender las obras en un sitio de construcción se proceda a un examen para cerciorarse de que no hay en él vestigios arqueológicos, y en caso necesario se lleve a cabo una excavación. Además el Estado tiene derecho a preservar hallazgos de interés público; los más destacados están expuestos en el Museo de Israel en Jerusalén. El museo alberga además el Santuario del Libro, en el que se conservan los Rollos del Mar Muerto, algunos de los cuales están expuestos al público.

Grandes esfuerzos y recursos considerables se invierten en la preservación y restauración de lugares antiguos. Decenas de ellos, de todos los períodos de la historia, están abiertos al público.