Al igual que en todas las universidades del mundo, también en las de Israel el objetivo supremo de los investigadores es el adelantar el conocimiento científico. Su labor de investigación se refleja en una abundante producción de libros y artículos de científicos israelíes en todas las áreas del conocimiento. Un porcentaje desproporcionado de todas las publicaciones científicas del mundo (alrededor del uno por ciento) se debe a autores israelíes y en muchas áreas, como química y ciencias de la computación, estas publicaciones tienen un impacto particularmente alto en la comunidad científica mundial.

En relación al tamaño de su fuerza laboral, Israel tiene un número significativamente más alto de autores que publican en ciencias naturales, ingeniería, agricultura y medicina que otros países, y una parte excepcionalmente grande de las publicaciones del país son escritas conjuntamente por científicos israelíes y de otros países.

Para integrar la ciencia israelí a la comunidad científica internacional se estimulan las investigaciones post-doctorales y los años sabáticos en el extranjero, así como la asistencia a conferencias científicas en el exterior, y se mantiene una amplia gama de programas de intercambio y proyectos conjuntos con organizaciones similares en el exterior, a nivel de institutos, universidades y gobiernos. Israel es, además, un importante centro de conferencias científicas internacionales, con muchas reuniones de este tipo cada año.

A la par de sus amplias actividades de investigación científica, las universidades continúan jugando un papel importante e innovador en el progreso tecnológico de Israel. El Instituto Científico Weizmann fue uno de los primeros institutos del mundo en establecer una organización para la utilización comercial de sus investigaciones (1958); hoy en día existen organizaciones similares en todas las universidades de Israel. Se ha iniciado con gran éxito comercial el establecimiento de parques industriales con base científica, adyacentes a los campus de las universidades. Las universidades han creado además empresas industriales "satélites" para la comercialización de productos específicos basados en sus investigaciones, frecuentemente en sociedad con consorcios locales y extranjeros.

Investigaciones interdisciplinarias e institutos de ensaye funcionan en las universidades, en diversos campos científicos y tecnológicos vitales para la industria del país. Sus tareas se desarrollan en áreas tales como la construcción, el transporte y la educación, como puntos focales nacionales de la IyD aplicada. Además, una alta proporción de los profesores universitarios asesoran a la industria, en materias técnicas, administrativas y financieras.