ב-01/06/2017 נחקק חוק הדרכונים החדש אשר דורש כי מעתה יונפקו דרכונים ביומטריים בלבד.
יחד עם זאת, אין כרגע באפשרות הנציגויות הישראליות ברחבי העולם לנפק דרכונים מסוג זה.
על כן, אזרחים ישראלים המבקרים ביפן כתיירים רשאים לקבל, במקרי חירום בלבד, דרכון בתוקף לשנה אחת או תעודת מעבר חד פעמית אשר תאפשר חזרה לישראל בלבד.
אזרחים ישראלים החיים ביפן כתושבים רשאים לקבל, בשלב זה, דרכון רגיל בתוקף ללא יותר מ-5 שנים.
על מנת שהשגרירות תוכל לנפק דרכון ל-5 שנים על הפונה, בצירוף לטופס הבקשה הרגיל ושתי תמונות פספורט בגודל 5ס"מ על 5 ס"מ, נדרשת הוכחת תושבות.
על מנת להוכיח תושבות יש להציג תעודת תושב (הידועה בשם Zairyu Kado ביפנית). במידה ותוקף התעודה, ועל כן גם הויזה, עומד לפוג, נא לציין האם יש בכוונתכם לחדשם.