L'établissement de relations diplomatiques à part entière entre Israël et le Saint-Siège (aux termes de
l'Accord fondamental signé à Jérusalem le 30 décembre 1993) peut être considéré comme une étape fort significative dans l'attitude de l'Eglise à l'endroit du judaïsme et du peuple juif, processus entamé publiquement par l'encyclique Nostra Aetate, adoptée par le Concile Vatican II en 1965.
Dans l'accord fondamental signé entre l'Etat d'Israël et le Saint-Siège, les parties soulignent « la nature unique de la relation entre l'Eglise catholique et le peuple juif... » et s'engagent « à coopérer en vue de combattre toutes les formes de racisme et d'intolérance religieuse, et de promouvoir la compréhension entre les peuples, la tolérance entre les communautés et le respect de la vie et de la dignité humaine », ainsi qu'à œuvrer pour « la solution pacifique des conflits entre Etats et nations, excluant la violence et le terrorisme de la vie internationale ». Les autres obligations des parties concernent le respect du statu quo pour les lieux saints chrétiens, les questions liées à la liberté de religion, aux pèlerinages en Terre sainte et d'autres registres.
En novembre 1997, un accord à Jérusalem définissant le statut de l'Eglise catholique en Israël et sa hiérarchie aux termes de la législation israélienne. C'est la première fois qu'un gouvernement israélien reconnaissait de jure la présence de l'Eglise catholique en Terre sainte.
En mars 2000, le pape Jean-Paul II a effectué un pèlerinage aux Lieux saints d'Israël. En tant que chef d'Etat, il a rencontré le président Weizman et le premier ministre Ehud Barak. Au cours de sa visite, il s'est également entretenu avec les grands rabbins et s'est rendu à Yad Vashem et au Mur occidental. Cette visite souligne la poursuite du processus de réconciliation entre le judaïsme et l'Eglise catholique.
Le pape Benoît XVI a visité Israël en mai 2009 sur un pèlerinage en Terre sainte, marquant ainsi une étape importante dans le développement des relations entre le Vatican et Israël. La visite a permis de renforcer le dialogue entre le christianisme, le judaïsme et l'islam, dans le cadre des efforts visant à parvenir à la paix dans la région.