Vue aérienne de Beit Shéan (Direction des Antiquités d'Israël)

En terre d'Israël, les fouilles archéologiques ont débuté vers le milieu du XIXe siècle, à une époque où des spécialistes de la Bible étudiaient la région en quête de vestiges des sites mentionnés dans l'Ancien et le Nouveau Testament. Vers la fin du XIXe siècle, et surtout depuis le début du XXe siècle, de nombreux tertres (tel, en arabe, est un monticule composé de vestiges d'antiques localités) firent l'objet de fouilles, ce qui posa les bases d'une recherche archéologique scientifique. Les activités archéologiques, développées sous le mandat britannique (1917-1948), se sont considérablement intensifiées depuis l'indépendance de l'Etat d'Israël.

L'expérience acquise durant les fouilles a abouti à l'élaboration de méthodes de recherche stratigraphique et de l'étude méticuleuse de la typologie des formes des récipients en céramique et autres objets permettant de dater les strates et les vestiges archéologiques. Ces dernières années, la recherche archéologique a été étendue à des aspects moins connus des cultures matérielles antiques, notamment l'alimentation, les maladies, l'économie et le commerce. Ces acquis de la recherche archéologique moderne sont appliqués chaque année dans plusieurs dizaines de chantiers de fouilles.

L'archéologie en Israël porte sur la recherche systématique de tous les vestiges du passé - depuis la préhistoire jusqu'à la fin de la domination ottomane. La profusion des vestiges est un témoignage des nombreuses cultures qui ont laissé leur empreinte dans le pays. Des caractéristiques géographiques uniques en leur genre ont exercé une influence sur les cultures les plus anciennes : il y a plusieurs milliers d'années, le pays servait de passage aux bandes de chasseurs se rendant d'Afrique en Europe. Leurs campements et leurs habitations ont été retrouvés le long de la vallée du Jourdain et dans les grottes du mont Carmel et de Galilée.

A l'époque biblique, le pays constituait un carrefour entre les cultures prospères du Croissant fertile limité par la Mésopotamie (l'actuel Irak) et l'Egypte. Depuis son occupation par Alexandre le Grand, le pays d'Israël établit un lien géographique et culturel entre l'orient et l'occident.

La recherche archéologique en Israël accorde une grande importance au fait que le pays abrite le patrimoine spirituel des trois grandes religions monothéistes. Ce pays dévoile le lien historique entre le peuple juif, la Bible et le Pays d'Israël en mettant à jour les vestiges du patrimoine culturel du peuple juif dans sa patrie. Ces vestiges exhumés constituent le lien matériel entre le passé, le présent et l'avenir du peuple juif dans son pays.

Cette chaîne d'histoire ininterrompue peut être observée dans les sites de tout le pays : dans les cités bibliques de Hatzor, Megiddo, Guézer, Shomron, Béer Shéva et Dan ; dans les villes de l'époque du Second Temple - Tibériade, Sepphoris (Tsippori), Gamla - et les forteresses de Massada et Hérodion où les Juifs luttèrent pour leur liberté ; et dans le désert de Judée, près de la mer Morte, où ont été découverts des vestiges du centre spirituel des Esséniens et les rouleaux de la mer Morte, notamment les exemplaires les plus anciens de l'Ancien Testament. Datant de la même époque, des sites liés à la vie de Jésus ont été exhumés - Capharnaüm, Tabgha - où se trouvent également des vestiges d'églises de l'époque byzantine.​

Statue de Dionysos exhumée à Beit-Shean  (Direction des Antiquités d'Israël)

Les sites des grandes villes romaines et byzantines de Césarée, Beit Shéan et Banias ont été mis à jour, de même qu'Avdat, Haloutsa et Mamshit, des villes du Néguev autrefois prospères. Des vestiges de la ville de Ramleh et le palais de Khirbet al-Mafjar (ou palais de Hisham) à Jéricho, datant de la période musulmane, ont été retrouvés, ainsi que de nombreuses forteresses et villes de l'époque des croisés : Acre, Césarée, Belvoir et Qalaat Nimrod.

Jérusalem, la capitale d'Israël, est un foyer d'intense activité archéologique où ont été mis au jour les vestiges de 5000 ans d'histoire : dans la Cité de David, les murailles de la ville cananéenne et des vestiges des édifices de la capitale du Royaume uni d'Israël, notamment des systèmes souterrains d'adduction d'eau sophistiqués ; de l'époque du Second Temple : les vestiges de bâtiments publics construits le long des murs de soutènement du mont du Temple qui subsistent à ce jour, les ruines des superbes résidences de la ville haute dans l'actuel quartier juif de la Vieille Ville demeurées en place après la destruction de Jérusalem par les Romains en l'an 70, et plusieurs centaines de pierres tombales dont certaines somptueusement travaillées, témoignant de la richesse de la ville détruite par Rome ; de nombreuses églises et édifices religieux de  la période byzantine dont le plus célèbre est la basilique du Saint-Sépulcre ; de la période musulmane : les mosquées du mont du Temple et un centre administratif dont les vestiges ont été exhumés au sud du mont du Temple ; de la période franque, des remparts, des églises et des marchés couverts ; de l'époque mamelouke et ottomane, les minarets dont les silhouettes se découpent dans la Vieille Ville. Les remparts de la Vieille Ville et la citadelle qui se dresse près de la porte de Jaffa furent érigés sous le règne du sultan ottoman Soliman le Magnifique (1520-1566).

Quelque 20 000 sites d'antiquités sont recensés en Israël et protégés par la loi. Chaque année, plusieurs dizaines de sites de chaque période de l'histoire et dans l'ensemble du pays font l'objet de fouilles. Les permis de procéder à des fouilles sont délivrés à des missions - locales ou étrangères - par la Direction des antiquités d'Israël, chargée de la préservation du patrimoine antique du pays. La loi sur les antiquités d'Israël stipule que tout terrain à bâtir doit être examiné avant le début de la construction et faire éventuellement l'objet de fouilles. L'Etat se réserve également le droit de préserver des découvertes d'intérêt public ; certaines, parmi les plus importantes sont présentées au Musée Israël à Jérusalem. Ce musée abrite également le Sanctuaire du Livre où sont conservés les rouleaux de la mer Morte, en partie exposés au public. De grands efforts et d'importantes ressources sont investis pour préserver et restaurer d'anciens sites ; plusieurs dizaines d'entre eux, datant de toutes les périodes de l'histoire, ont été ouverts au public.​