Tomáš Garrigue Masaryk jako první hlava státu navštívil mandátní Palestinu v roce 1927. Československo záhy po svém vzniku v roce 1918 jako jedna z mála zemí oficiálně uznala židovskou národnost, což pramenilo nejen z osobní iniciativy prezidenta Tomáše Garrigue Masaryka, ale i z postoje české inteligence, která na základě vlastních zkušeností z bojů za národnostní uznání sympatizovala s úsilím Židů o uskutečnění jejich ideálů. O podpoře, které se tyto aktivity těšily ze strany československého státu, svědčí také konání kongresů Světové sionistické organizace v letech 1921 a 1923 v Karlových Varech a roku 1933 v Praze.
Po druhé světové válce ČSR aktivně podporovala vznik Izraele. V roce 1947 měla zástupce ve Zvláštním výboru OSN pro Palestinu, jenž doporučil rozdělení britské mandátní Palestiny na židovský a arabský stát. Od ledna 1948 měla zastoupení i ve Výboru pro Palestinu, který sledoval rozdělení. Stát Izrael byl vyhlášen 14. května 1948, československá vláda ho uznala o pět dní později. V červenci 1948 byly navázány diplomatické styky.
V prvních dnech existence nového státu poskytovalo Československo Izraeli materiální pomoc, a to i přes embargo OSN na dovoz zbraní na Blízký východ. První dodávka zbraní tam směřovala již v lednu 1948. Do listopadu 1948 do Izraele došlo 80 letadel. Československo na svém území poskytlo výcvik asi 200 izraelským specialistům, pilotům či parašutistům.
S počátkem studené války se vzájemné vztahy začaly ochlazovat. V květnu 1949 ještě do Prahy přijel ministr zahraničí Moše Šaret a v březnu 1950 byla podepsána vzájemná hospodářská dohoda, vůbec první izraelská obchodní smlouva s cizím státem. Již v roce 1951 však byla vypovězena. Po antisemitské vlně v ČSR v letech 1952 až 1953 musel tehdejší izraelský velvyslanec Arje Kubovi koncem roku 1952 Československo opusti, v ČSR pak až do roku 1967 zůstal jen pověřený zástupce. Veškeré kontakty mezi Izraelem a Československem byly přerušeny z popudu československé strany v červnu 1967 po šestidenní válce.
Až do roku 1989 nepovolovalo Československo, jako jediná země vedle SSSR, izraelským občanům vstup na své území. Výjimkou byl příjezd izraelského tenisového družstva roku 1987. Hospodářské kontakty se začaly oživovat ve druhé polovině 80. let. Diplomatické styky na úrovni velvyslanectví byly obnoveny 9. února 1990 během návštěvy izraelského ministra zahraničí Mošeho Arense v Československu a zahájily novou éru rozvoje všestranné spolupráce. Prezident Václav Havel jako první nejvyšší představitel států střední a východní Evropy vykonal oficiální návštěvu Izraele v dubnu 1990. Na reciproční návštěvu přijel izraelský prezident Chaim Herzog v říjnu 1991. Diplomatické styky s ČR byly navázány 1. ledna 1993.
Od znovunavázání diplomatických styků Izraele a Československa v únoru 1990 jsou vzájemné vztahy velmi těsné a ekonomická spolupráce je na vzestupu.
Česko patří v EU k nejsilnějším spojencům v Izraele. Česká diplomacie se staví za klidné řešení blízkovýchodního konfliktu a ČR při svém předsednictví v EU v roce 2009 usilovalo o těsnější vztahy unie s Izraelem. Během jednoho roku (2011-12) navštívil izraelský premiér Netanjahu s velkou částí svého kabinetu hned dvakrát Českou republiku v rámci mezivládních jednání s vládou Petra Nečase.