Obchodní oddělení zastupuje v ČR vládní a polovládní izraelské instituce převážně ekonomického zaměření. Jde zejména o izraelské Ministerstvo průmyslu a obchodu, Ministerstvo financí, Ministerstvo životního prostředí, Ministerstvo dopravy a spojů, Ministerstvo zdravotnictví, Ministerstvo zemědělství a Izraelský exportní institut.