Chiều ngày 25/04/2013 tại Bộ Khoa học và Công Nghệ(bộ KH&CN), ông Nguyễn Quân, bộ trưởng bộ KH&CN – đại diện cho chính phủ nước CHXHCN Việt Nam và bà Meirav Eilon Shahar, Đại sứ Israel tại Việt Nam, đại diện cho chính phủ Nhà nước Israel đã tiến hành ký kết Nghị định thư thành lập Ủy ban Liên chính phủ về hợp tác kinh tế, khoa học công nghệ và các lĩnh vực khác.
Theo nghị định thư, hai bên sẽ thành lập Ủy ban liên chính phủ gồm đại diện các Bộ ban ngành có liên quan của Việt Nam và Israel với đồng chủ tịch Ủy ban ở phía Việt Nam là bộ KH&CN và phía Israel là Bộ Kinh tế. Mục tiêu hoạt động của Ủy ban là thúc đẩy quan hệ hợp tác song phương, cụ thể là hợp tác về thương mại, đầu tư, tài chính và ngân hàng, khoa học & công nghệ, năng lương, nông nghiệp và phát triển nông thôn, đào tạo, du lịch, giao thông, văn hóa và thông tin, thông qua việc thực hiện các dự án, các chương trình hợp tác do mỗi bên hay các bên cùng đề xuất.
Đây là hình thức hợp tác song phương cao nhất ở cấp chính phủ và là mốc son đánh dấu một tầm cao mới trong quan hệ hợp tác Việt Nam- Israel, đặc biệt vào thời điểm kỷ niệm 20 năm thiết lập quan hệ ngoại giao giữa hai nhà nước.