El 1 de julio, fecha en la que se cumplía el plazo dado por los secuestradores, el gobierno de Israel se ofreció a negociar con ellos con la condición de extender el plazo hasta el 4 de julio. Amin les pidió ampliar el plazo hasta el 04 de julio. Esto significaba que el podría realizar un viaje diplomático a Port Louis, Mauricio, con el fin de entregar oficialmente la presidencia de la Organización para la Unidad Africana a Seewoosagur Ramgoolam. Esta prórroga en el plazo para los rehenes resultaría ser crucial al proveer el tiempo suficiente a las fuerzas israelíes para llegar a Entebbe.
Intentos de solución diplomática
A medida que la crisis de rehenes progresaba, se realizaron intentos de negociación para liberar los secuestrados. De acuerdo a documentos diplomáticos desclasificados, el gobierno egipcio de Sadat intento negociar con la OLP y el gobierno de Uganda y un emisario especial, Hanni al Hassan, fue enviado para negociar a Uganda. Sin embargo, cualquier negociación se hizo innecesaria en cuanto se dio inicio a la operación de rescate.
Preparativos del rescate
El servicio de inteligencia israelí Mossad realizó un esquema de la ubicación de los rehenes, el número de militantes y los integrantes del ejército ugandés involucrados, a partir de los detalles brindados por los rehenes liberados en París. Mientras se preparaba el rescate, el Ejército de Israel consultó con la firma también israelí involucrada en la construcción del edificio en las décadas de 1960 y 1970. Mientras se planeaba la operación militar se construyó una réplica parcial de la terminal aeroportuaria con la ayuda de civiles que participaron en su construcción.
De acuerdo a una entrevista del 5 de julio de 2006 de la Associated Press con un organizador del rescate, Moshe Betser, integrantes del Mossad entrevistaron exhaustivamente a los rehenes liberados. Uno de ellos, un judío de origen francés, había sido erróneamente liberado junto a los demás pasajeros no judíos. Betser dijo que este hombre tenía entrenamiento militar y «una memoria fenomena , que le permitió dar información.